Наиболее распространёнными представителями ископаемой фауны в Мадыгене, являются двустворчатые моллюски класса Бивалвия (Bivalvia). Довольно мощные слои сложенные представителями данного вида свидетельствуют об их массовом вымирании в триасе (T).
Важно отметить всемирную известность данного района по уникальным и единичным в мире палеонтологическим находкам. Например: Шаровиптерикс (Sharovipteryx mirabilis) — живших во времена триасового периода 242-227 млн. лет назад. Один из двух видов в семействе Sharovipterygidae и единственный известный представитель рода Sharovipteryx. Известен по единственной окаменелости, найденной в урочище Мадыген, поэтому предполагается, что он обитал на территории современной Средней Азии.
